Analyse d'images
Comme je l'ai expliqué, après une mesure de respiration les échantillons de racines fines sont excisés, scannés, séchés à l'étuve et pesés avant d'être broyés pour mesurer le taux d'azote.
Je n'ai pas encore terminé ce long protocole mais j'avance petit à petit... et en ce moment je suis en pleine analyse d'images numériques. Les scans de mes racines sont traitées par ordinateur grâce au logiciel Winrhizo Pro2009B (merci à lui) qui mesure entre autre la longueur des racines, leur diamètre moyen, calcule leur surface et leur volume et peut même en retourner l'architecture (nombre de ramification etc, etc).
Cependant pour avoir de belles données il faut "nettoyer" les images pour éliminer bulles d'air, déchets d'écorces, ou reflets. Je prends donc ma gomme, mes ciseaux (virtuels, bien sûr) et je nettoie:
Avant Après
Temps passé pour ce beau résultat: 2h30... Déjà parce que le désavantage du logiciel est que l'on ne peut pas revenir en arrière: un petit coup de souris à côté et Hop, on recommence du début (avant de prendre le réflexe de sauvegarder toutes les 3 minutes!). Ensuite et surtout parce que c'était encore un crash-test, pour prendre le coup de main et trouver le bon degré de nettoyage, c'est à dire jusqu'à quel grossissement aller effacer les bulles d'air.
Après comparaison des résultats pour plusieurs niveaux de précision et en prenant une erreur de mesure acceptable de 10% j'ai traité ma cinquantaine d'images à peu près comme ça:
Temps passé: 30 minutes
Maintenant que tout est nettoyé et analysé, y'a plus qu'à s'amuser à traiter les données... Prochaine étape sponsorisée par Excel Microsoft Office et R ...
Je tiens à remercier le service BBC World Service, Science Magasine et AAAS pour les podcasts ayant occupé ces loooongues heures de gommage.
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