Rung-Hutan

Un peu d’R…

Durant mon stage je suis allée quatre fois sur le terrain et j’ai pu visiter chacune des trois principales localisations. Je n’ai malheureusement pas pu travailler sur tous les plots, j’ai donc réalisé mon étude sans avoir toutes les données mais en ayant néanmoins un échantillon le plus représentatif possible.

Dans le cadre des recherches pour la valorisation de la forêt à dipterocarpes, mon étude portait sur la flore inventoriée sur les placettes. Le but était de discriminer les placettes selon leur composition en espèces puis de créer des groupes de placettes ayant des espèces communes. Ensuite j’essayais de trouver un lien entre la composition floristique et les facteurs du milieu.

Dans un premier temps il s’agit bien entendu de faire de la bibliographie pour se familiariser avec la flore locale, le contexte, les études déjà menées…

Dans un deuxième temps on réalise une étude statistique à l’aide du logiciel R qui nous retourne les groupes qu’il  est possible de créer (méthode appelée Classification Ascendante Hierarchique). Ensuite, à l’aide de la méthode d’Analyse Factorielle des Correspondances, on représente les placettes dans une espace à 2 ou 3 dimensions selon leur composition florale (la présence ou l’absence d’une espèce représente la coordonnée d’une placette). La dernière étape est d’étudier un lien possible entre cette représentation spatiale des placettes et les valeurs écologiques mesurées sur le terrain.

Pour cette étude on utilise le logiciel de statistiques R. D’abord il s’agit d’écrire les lignes de code. Ce qui n’est pas chose facile sachant que la théorie c’est bien mais toute personne ayant un jour approché un logiciel de code quelconque sait qu’il y a toujours un problème quelque part.… et le trouver par soi même est long et pénible.

Ensuite on applique ces programmes aux dossiers où sont enregistrées toutes les données et il ne reste plus qu’à analyser graphiques et valeurs.

Malheureusement la conclusion de mon étude est que l’on ne peut pas utiliser la flore pour apprécier les valeurs écologiques d’une placette : impossible de trouver des groupes de placettes similaires et donc de les relier avec des facteurs du milieu. Bien entendu c’est toujours un peu décevant de ne pas présenter au maître de stage un beau rapport avec une conclusion inédite et déterminante pour la suite mais une absence de conclusion est toujours un résultat !

J’ai de plus essayé d’expliquer pourquoi ça n’a pas marché : les arbres sont plus sensibles à l’activité anthropique et au climat qu’aux facteurs écologiques du sol, il faudrait donc peut être plutôt s’intéresser aux espèces herbacées.

Enfin, mon travail a permis d’utiliser des méthodes pas forcément connues par l’équipe et de créer des programmes que l’on peut appliquer à d’autres bases de données.… et donc plein de perspectives pour des études à venir.